Primeiro Mistério: Caterpie evolui para Metapod que evolui pra Buterfree e Venonat para Venomoth, não é meio estranho o Caterpie na sua terceira evolução evoluir pra Buterfree já que Caterpie tem os olhos bem grandes e aparentes e Buterfree não, e o Venonat com os olhos esbugalhados. Não deveria Caterpie na sua terceira evolução evoluir para o Venomoth já que suas aparências são idênticas, e o Venonat evoluir para o Buterfree já que o Buterfree tem os mesmos esquemas de cores e olhos iguai aos de Venonat? Mas isso é só uma teoria, não se sabe se é mesmo um erro.
Segundo Mistério: Igual ao primeiro mistério, Magikarp evolui pra Gyarados, e Dratini na sua terceira evolução evolui para Dragonite. Não deveria Dratini na sua terceira evolução evoluir para um Gyarados já que Dratini tem uma estrutura física igual a de um Gyarados e sua cor também, e Magikarp tem a cor parecida com a do Gyarados.
Terceirao Mistério: dizem que o ditto é um clone mau feito na tentativa de clonar o mew esses boatos começaram quando Fãs de Pokémon começaram a ficar intrigados por fatos que se coincidiram. Vejam os Fatos abaixo:
As suas formas Brilhantes tem os mesmos esquemas de cores.
E na mansão de Sinabar o jogador pode encontrar Vários Dittos, e que lá foi um dos principais arenas de testes para clonar o Mew, e já que não deram muito certo saia uma gosma rosa que foi chamada de Ditto.
Quarto Mistério: um outro mistério que eu tava vendo é o de kangaskhan não ter evolução, essa evolução provavelmente foi rejeitada e deletada dos cartuchos antes que eles saisem há venda , mas , muitos fãs dizem que não foi deletada, apenas trocaram os nomes e dizem que a primeira evolução de kangaskhan era pra ser um cubone já que na sua descrição na pokedex diz: ele usa o cranio de sua mãe morta na cabeça, e quando se sente sozinho chora bem alto, e o cranio é exatamente igual ao da cabeça de um kangaskhan.
Só que essa teoria foi barrada quando veio a evolução de Marowak que é a real evoluçao de Cubone,mas,muitos ainda insistem que o kangaskhan ainda é uma evolução de Cubone só que agora é: Cubone, Marowak e Kangaskhan.
Ainda tem uma suposição dizendo que pode aver diferentes evoluções por sexo, que no caso o Cubone macho evolui para Marowak e o Cubone Fêmea evolui para Kangaskhan.
Quinto Mistério: outro suposto problema e o de Shelder evolui para Cloyster, e Gastly evolui para Haunter e depois para Gengar. o problema disso veio depois do episódio de quando shelder e Cloyster apareceram pela primeira vez, os fãs ficaram intrigados por Shelder ter uma bola preta dentro de seu casco, e essa teoria se aprimorou mais ainda quando Cloyster apareceu porque cloyster tinha uma mesma bola preta dentro de seu casco e já bem nítida e explícita pra todo mundo vê, e foi assim que se criou essa teoria de Gastly ser a terceira evolução de Shelder.